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Seit dem Ausbruch der Coronavirus-Krankheit (COVID-19) im Jahr 2019 wurden weltweit viele kommerzielle Nukleinsäure-Amplifikationstests (NAATs) entwickelt und sind zu Standardassays geworden.Obwohl schnell mehrere Tests entwickelt und auf diagnostische Labortests angewendet wurden, wurde die Leistung dieser Tests nicht in einer Vielzahl von Umgebungen bewertet.Daher zielte diese Studie darauf ab, die Leistung der SARS-CoV-2-, Daan Gene-, BGI- und Sansure Biotech-Assays von Abbott unter Verwendung des Composite Reference Standard (CRS) zu bewerten.Die Studie wurde vom 1. bis 30. Dezember 2020 am Ethiopian Public Health Institute (EPHI) durchgeführt. 164 Nasen-Rachen-Proben wurden mit dem QIAamp RNA Mini Kit und dem Abbott DNA-Probenvorbereitungssystem extrahiert.Von 164 Proben waren 59,1 % positiv und 40,9 % negativ für CRS. Die Positivität von Sansure Biotech war im Vergleich zu CRS signifikant niedrig (p < 0,05). Die Positivität von Sansure Biotech war im Vergleich zu CRS signifikant niedrig (p < 0,05). Positive Ergebnisse von Sansure Biotech, die keine Auswirkungen auf CRS haben (p < 0,05). Die positiven Ergebnisse von Sansure Biotech waren im Vergleich zu CRS signifikant niedriger (p < 0,05).与CRS 相比，Sansure Biotech 的阳性率显着较低（p < 0.05）。与CRS 相比，Sansure Biotech 的阳性率显着较低（p < 0.05）。 У Sansure Biotech hat eine kritische Analyse des CRS (p < 0,05) durchgeführt. Sansure Biotech hatte signifikant weniger positive Ergebnisse im Vergleich zu CRS (p < 0,05).Die Gesamtübereinstimmung der vier Analysen betrug 96,3–100 % im Vergleich zu CRS.Zusätzlich zu der niedrigen Positivitätsrate des Sansure Biotech-Assays war die Leistung der vier Assays nahezu vergleichbar.Daher erfordert der Sansure Biotech [Research Only (RUO)]-Assay eine zusätzliche Validierung für seine Verwendung in Äthiopien.Schließlich sollten zusätzliche Forschungsarbeiten in Betracht gezogen werden, um Assays mit entsprechenden Angaben des Herstellers zu bewerten.
Labortests sind Teil des Strategieplans der Weltgesundheitsorganisation (WHO) für die Vorsorge und Reaktion (SPRP) für die Coronavirus-Krankheit 2019 (COVID-19).Die WHO rät den Ländern, Laborkapazitäten aufzubauen, um die Bereitschaft, das ordnungsgemäße Fallmanagement, die Wachsamkeit und die schnelle Reaktion auf Herausforderungen im Bereich der öffentlichen Gesundheit zu verbessern.Dies deutet darauf hin, dass die Rolle des Labors der Schlüssel zur Charakterisierung der Krankheit und Epidemiologie neu auftretender Infektionserreger und zur Kontrolle ihrer Ausbreitung ist.
Die Diagnose von COVID-19 erfordert epidemiologische und medizinische Informationen, persönliche Symptome/Anzeichen sowie Röntgen- und Labordaten2.Seit der COVID-19-Ausbruch in Wuhan, China, gemeldet wurde, wurden weltweit viele kommerzielle Nukleinsäure-Amplifikationstests (NAATs) entwickelt.Die Echtzeit-Reverse-Transkriptase-Polymerase-Kettenreaktion (rRT-PCR) wurde als Routine- und Standardmethode für die Labordiagnose einer Infektion mit dem schweren akuten respiratorischen Syndrom 2 (SARS-CoV-2)3 verwendet.Der molekulare Nachweis von SARS-CoV-2 basiert typischerweise auf den Genen N (Nukleokapsidprotein), E (Hüllproteingen) und RdRp (RNA-abhängiges RNA-Polymerasegen) in ORF1a/b (offener Leserahmen 1a/b). .-Gen)-Region, die aus dem viralen Genom identifiziert wurde.Sie gelten als die wichtigsten konservierten Regionen in Virusgenomen für die Viruserkennung4.Unter diesen Genen haben die Gene RdRp und E eine hohe analytische Nachweisempfindlichkeit, während das N-Gen eine geringe analytische Empfindlichkeit aufweist5.
Die Leistung von PCR-Assays kann in Abhängigkeit von verschiedenen Faktoren variieren, wie z. B.: Extraktionsreagenzien, Amplifikations-/Nachweisreagenzien, Extraktionsmethode, Qualität des PCR-Geräts und anderer Instrumente.Bis April 2020 haben mehr als 48 verschiedene Diagnosegeräte aus neun Ländern eine Notfallgenehmigung (EUA) für die COVID-196-Diagnostik erhalten.In Äthiopien werden mehr als 14 Echtzeit-PCR-Plattformen für den PCR-Nachweis von SARS-CoV-2 in 26 öffentlichen Gesundheitseinrichtungen verwendet, darunter ABI 7500, Abbott m2000, Roche 48000 und Quant-studio7.Darüber hinaus sind verschiedene PCR-Testkits erhältlich, z. B. der Daan-Gentest, der Abbott SARS-CoV-2-Test, der Sansure Biotech-Test und der SARS-CoV-2-BGI-Test.Obwohl die rRT-PCR hochempfindlich ist, melden einige Patienten mit COVID-19 falsch negative Ergebnisse aufgrund unzureichender Kopien der viralen Ribonukleinsäure (RNA) in Proben aufgrund unsachgemäßer Entnahme, Transport, Lagerung und Handhabung sowie Labortests.Bedingungen und Handlungen des Personals8.Darüber hinaus können die falsche Handhabung von Proben oder Kontrollen, die Einstellung des Zyklusschwellenwerts (Ct) und die Kreuzreaktivität mit anderen pathogenen Nukleinsäuren oder inaktiver/Rest-SARS-CoV-2-RNA zu falsch positiven Ergebnissen in rRT-PCR9-Assays führen.Somit ist klar, dass PCR-Tests tatsächlich Träger von Genfragmenten identifizieren können, da sie nicht einmal zwischen wirklich aktiven viralen Genen unterscheiden können, sodass die Tests nur Träger und keine Patienten identifizieren können10.Daher ist es wichtig, die diagnostische Leistung mit Standardmethoden in unserem Setting zu bewerten.Obwohl viele NAAT-Reagenzien beim Ethiopian Public Health Institute (EPHI) und im ganzen Land erhältlich sind, wurde noch keine vergleichende Bewertung ihrer Wirksamkeit berichtet.Daher zielte diese Studie darauf ab, die vergleichende Leistung von im Handel erhältlichen Kits zum Nachweis von SARS-CoV-2 durch rRT-PCR unter Verwendung klinischer Proben zu bewerten.
Insgesamt wurden 164 Teilnehmer mit Verdacht auf COVID-19 in diese Studie eingeschlossen.Die Mehrzahl der Proben stammte aus Behandlungszentren (118/164 = 72 %), während die restlichen 46 (28 %) Teilnehmer aus Nicht-Behandlungszentren stammten.Unter den Teilnehmern, die nicht im Zentrum behandelt wurden, hatten 15 (9,1 %) klinische Verdachtsfälle und 31 (18,9 %) hatten Kontakt zu bestätigten Fällen.Dreiundneunzig (56,7 %) Teilnehmer waren männlich, und das Durchschnittsalter (± SD) der Teilnehmer betrug 31,10 (± 11,82) Jahre.
In dieser Studie wurden positive und negative Raten von vier Tests auf COVID-19 bestimmt.Somit betrugen die positiven Raten des SARS-CoV-2-Assays von Abbott, des Daan Gene 2019-nCoV-Assays, des SARS-CoV-2-BGI-Assays und des Sansure Biotech 2019-nCoV-Assays 59,1 %, 58,5 %, 57,9 % bzw. 55,5 % .Die positiven und negativen Ergebnisse des zusammengesetzten Referenzstandards (CRS) betrugen 97 (59,1 %) bzw. 67 (40,9 %) (Tabelle 1).In dieser Studie basierte die Definition von CRS auf der „beliebig positiven“ Regel, wonach von vier Testergebnissen zwei oder mehr Testergebnisse, die das gleiche Ergebnis lieferten, als richtig positiv oder negativ gewertet wurden.
In dieser Studie fanden wir eine negative prozentuale Übereinstimmung (NPA) von 100 % (95 % KI 94,6–100) für alle Analysen im Vergleich zu CRS.Die Analyse von Sansure Biotechnology zeigte eine minimale PPA von 93,8 % (95 % KI 87,2–97,1) und die Daan Gene 2019-nCoV-Analyse hatte eine Gesamtübereinstimmung von 99,4 % (95 % KI 96,6–99,9).Im Gegensatz dazu betrug die Gesamtübereinstimmung zwischen dem SARS-CoV-2-BGI-Test und dem Sansure Biotech 2019-nCoV-Test 98,8 % bzw. 96,3 % (Tabelle 2).
Der Cohen-Kappa-Übereinstimmungskoeffizient zwischen den CRS- und Abbott SARS-CoV-2-Testergebnissen war vollständig konsistent (K = 1,00).In ähnlicher Weise stimmen auch die von Daan Gene 2019-nCoV, SARS-CoV-2 BGI und Sansure Biotech 2019-nCoV erfassten Kappa-Werte von Cohen vollständig mit CRS überein (K ≥ 0,925).In dieser Vergleichsanalyse zeigte der Chi-Quadrat-Test (McNemar-Test), dass sich die Ergebnisse des Sansure Biotech 2019-nCoV-Assays signifikant von den CRS-Ergebnissen unterschieden (p = 0,031) (Tabelle 2).
Wie in Abb.1 Der Prozentsatz des niedrigsten Ct-Werts (< 20 Ct) des Abbott SARS-CoV-2-Assays (kombiniertes RdRp- und N-Gen) betrug 87,6 %, und der Ct-Wert des ORF1a/b-Gens des Sansure Biotech 2019-nCoV-Assays zeigte, dass der Prozentsatz niedrig war Der Ct-Wert (< 20 Ct) lag bei 50,3 % und der hohe Ct-Wert (36–40 Ct) bei 3,2 %. 1 Der Prozentsatz des niedrigsten Ct-Werts (< 20 Ct) des Abbott SARS-CoV-2-Assays (kombiniertes RdRp- und N-Gen) betrug 87,6 %, und der Ct-Wert des ORF1a/b-Gens des Sansure Biotech 2019-nCoV-Assays zeigte, dass der Prozentsatz niedrig war Der Ct-Wert (< 20 Ct) lag bei 50,3 % und der hohe Ct-Wert (36–40 Ct) bei 3,2 %.Wie in Abb.1, процент наименьшего значения Ct (< 20 Ct) анализа Abbott SARS-CoV-2 (комбинированный ген RdRp и N) составил 87,6%, а значение Ct гена ORF1a/b анализа Sansure Biotech 2019-nCoV показало что процент низкого значения Ct (< 20 Ct) составлял 50,3%, ein высокое значение Ct (36–40 Ct) составляло 3,2%. 1, der Prozentsatz der Analyse mit dem niedrigsten Ct-Wert (< 20 Ct) von Abbott SARS-CoV-2 (kombiniertes Gen RdRp und N) betrug 87,6 %, und der Ct-Wert der ORF1a/b-Genanalyse von Sansure Biotech 2019-nCoV zeigte dass der Prozentsatz des niedrigen Ct-Werts (< 20 Ct) 50,3 % und des hohen Ct-Werts (36–40 Ct) 3,2 % ausmachte.如图1 所示，Abbott SARS-CoV-2 检测（结合RdRp 和N 基因）的最低Ct 值百分比（< 20 Ct）为87.6%，Sansure Biotech 2019-nCoV 检测的ORF1a/b 基因Ct 值显示低Ct (< 20 Ct) mit 50,3 %, mit Ct (36–40 Ct) mit 3,2 %. Wie in Abbildung 1 gezeigt, beträgt der niedrigste Ct-Wert-Prozentsatz (< 20 Ct) des Abbott SARS-CoV-2-Tests (Kombination aus RdRp- und N-Gen) 87,6 %, der ORF1a/b-Gen-Ct-Wert des Sansure Biotech 2019-nCoV-Tests zeigt einen niedrigen Ct 值 (< 20 Ct) 的-Prozentsatz beträgt 50,3 %, 高Ct 值 (36–40 Ct) 的-Prozent beträgt 3,2 %. Как показано на рисунке 1, анализ Abbott SARS-CoV-2 (сочетающий гены RdRp и N) имел самое низкое процентное значение Ct (< 20 Ct) в размере 87,6%, а значение Ct гена ORF1a/b в исследовании Sansure Biotech 2019 - Анализ nCoV показал низкий Ct. Wie in Abbildung 1 gezeigt, hatte der Abbott SARS-CoV-2-Assay (Kombination der RdRp- und N-Gene) mit 87,6 % den niedrigsten prozentualen Ct-Wert (< 20 Ct), während der Ct-Wert des ORF1a/b-Gens im Sansure Studie Biotech 2019 – Die Analyse von nCoV zeigte einen niedrigen Ct. Процент значений (< 20 Ct) составил 50,3 %, а процент высоких значений значений Ct (36–40 Ct) составил 3,2 %. Der Anteil der Werte (< 20 Ct) lag bei 50,3 %, der Anteil hoher Ct-Werte (36–40 Ct) bei 3,2 %.Der SARS-CoV-2 B-Test von Abbott verzeichnete Ct-Werte über 30. Andererseits hatte das ORF1a/b-Gen im BGI SARS-CoV-2-Assay einen hohen Ct-Wert (> 36 Ct), der Prozentsatz betrug 4 % (Abb. 1). Andererseits hatte das ORF1a/b-Gen im BGI SARS-CoV-2-Assay einen hohen Ct-Wert (> 36 Ct), der Prozentsatz betrug 4 % (Abb. 1). С другой стороны, в анализе BGI SARS-CoV-2 ген ORF1a/b имел высокое значение Ct (> 36 Ct), процент которого составлял 4% (рис. 1). Andererseits hatte bei der Analyse des SARS-CoV-2-Gens von BGI ORF1a/b einen hohen Ct-Wert (> 36 Ct), dessen Prozentsatz 4 % betrug (Abb. 1).BGI SARS-CoV-2, ORF1a/b, Ct, > 36 Ct, 4 %. Andererseits beträgt beim BGI SARS-CoV-2-Nachweis der Prozentsatz des ORF1a/b-Gens mit hohem Ct-Wert (>36 Ct) 4 % (Abbildung 1). С другой стороны, в анализе BGI SARS-CoV-2 процент генов ORF1a/b с высокими значениями Ct (>36 Ct) составил 4% (Rise 1). In der SARS-CoV-2-Analyse des BGI hingegen lag der Anteil der ORF1a/b-Gene mit hohen Ct-Werten (>36 Ct) bei 4 % (Abb. 1).
In dieser Studie nahmen wir 164 Nasen-Rachen-Proben.Für alle Arten von Assays wurde die RNA-Isolierung und -Amplifikation unter Verwendung der von den jeweiligen Herstellern empfohlenen Methoden und Kits durchgeführt.
Diese Studie zeigte, dass der Abbott-Test für SARS-CoV-2 die gleiche Erkennungsleistung wie CRS hat, mit 100 % positiver, negativer und allgemeiner Übereinstimmung.Cohens Kappa-Übereinstimmung beträgt 1,00, was eine vollständige Übereinstimmung mit CRS anzeigt.Eine ähnliche Studie der University of Washington in den USA ergab, dass die Gesamtsensitivität und -spezifität des Abbott-Tests für SARS-CoV-2 im Vergleich zum laborbestimmten Assay (LDA) der CDC 93 % bzw. 100 % betrug .11. Das SARS-CoV-2-Erkennungssystem von Abbott basiert auf dem gleichzeitigen kombinierten Nachweis der N- und RdRp-Gene, da beide Gene empfindlicher sind und falsch negative Ergebnisse minimiert werden12.Eine Studie in Wien, Österreich, zeigte auch, dass große Extraktionsprobenvolumina und Detektionseluentenvolumina Verdünnungseffekte minimierten und die Detektionseffizienz erhöhten13.Somit kann Abbotts perfekte Ergänzung für den SARS-CoV-2-Assay mit einem Plattformnachweissystem in Verbindung gebracht werden, das gleichzeitig kombinatorische Gene nachweist, eine große Anzahl von Proben (0,5 ml) extrahiert und eine große Menge an Elutionsmittel (40 µl) verwendet.
Unsere Ergebnisse zeigten auch, dass die Erkennungsleistung des Daan-Gentests fast die gleiche war wie die von CRS.Dies steht im Einklang mit einer Studie14, die an der Anhui University in Huainan, China, durchgeführt wurde, und der Behauptung des Herstellers einer 100 % positiven Übereinstimmung.Trotz Berichten über konsistente Ergebnisse war eine Probe nach erneutem Testen des gleichen Eluats falsch negativ, war jedoch in den SARS-CoV-2- und Sansure Biotech nCoV-2019-Assays von Abbott positiv.Dies deutet darauf hin, dass die Ergebnisse bei verschiedenen Arten von Assays variieren können. Nichtsdestotrotz unterschied sich in der in China durchgeführten Studie15 das Ergebnis des Daan Gene Assay signifikant (p < 0,05) im Vergleich zu ihrem im Labor definierten Referenzassay. Nichtsdestotrotz unterschied sich in der in China durchgeführten Studie15 das Ergebnis des Daan Gene Assay signifikant (p < 0,05) im Vergleich zu ihrem im Labor definierten Referenzassay. Тем не менее, в исследовании, проведенном в Китае15, результат анализа Daan Gene значительно отличался (p < 0,05) от их лабораторного эталонного анализа. In einer Studie in China15 unterschied sich das Analyseergebnis von Daan Gene jedoch signifikant (p < 0,05) von ihrer Laborreferenzanalyse.然而，在中国进行的研究中15，大安基因检测的结果与其实验室定义的参考检测相比有显着差p <0.<0,00 Однако в исследовании, проведенном в Китае15, результаты генетического теста Daan значительно отличались (p < 0,05) по сравнению с его эталонным лабораторным тестом. In einer Studie in China15 waren die Ergebnisse des Gentests von Daan jedoch signifikant unterschiedlich (p < 0,05) im Vergleich zu seinem Referenzlabortest.Diese Diskrepanz kann auf die Empfindlichkeit des Referenztests zum Nachweis von SARS-CoV-2 zurückzuführen sein, und weitere Studien können wichtig sein, um die Ursache zu ermitteln.
Darüber hinaus bewertete unsere Studie die Vergleichsleistung des SARS-CoV-2-BGI-Assays mit CRS und zeigte eine hervorragende positive prozentuale Übereinstimmung (PPA = 97,9 %), negative prozentuale Übereinstimmung (NPA = 100 %) und prozentuale Gesamtübereinstimmung nach Geschlecht ( OPA).).= 98,8 %).Cohens Kappa-Werte zeigten eine gute Übereinstimmung (K = 0,975).Studien in den Niederlanden16 und China15 haben konsistente Ergebnisse gezeigt.Der SARS-CoV-2 BGI-Test ist ein Einzelgen (ORF1a/b)-Nachweistest mit 10 µl Amplifikations-/Nachweis-Eluat.Trotz guter statistischer Übereinstimmung mit unseren Referenzergebnissen übersah die Analyse zwei positive Proben (1,22 %) der Gesamtprobe.Dies kann enorme klinische Auswirkungen auf die Übertragungsdynamik sowohl auf Patienten- als auch auf Gemeinschaftsebene haben.
Eine weitere vergleichende Analyse in dieser Studie war der Sansure Biotech nCoV-2019 rRT-PCR (RUO) Assay;der Gesamtübereinstimmungsprozentsatz betrug 96,3 %.Die Stärke der Übereinstimmung wurde auch durch den Kappa-Wert von Cohen bestimmt, der 0,925 betrug und eine vollständige Übereinstimmung mit dem CRS anzeigte.Auch hier sind unsere Ergebnisse identisch mit Studien, die an der Central South University in Changsha, China, und in der klinischen Laborabteilung des Volkskrankenhauses Liuzhou, Stadt Liuzhou, China, durchgeführt wurden17. Obwohl die oben genannte gute statistische Übereinstimmung aufgezeichnet wurde, zeigte der Chi-Quadrat-Test (MacNemar-Test), dass das Ergebnis des Sansure Biotech-Assays einen statistisch signifikanten Unterschied im Vergleich zu CRS aufwies (p < 0,005). Obwohl die oben genannte gute statistische Übereinstimmung aufgezeichnet wurde, zeigte der Chi-Quadrat-Test (MacNemar-Test), dass das Ergebnis des Sansure Biotech-Assays einen statistisch signifikanten Unterschied im Vergleich zu CRS aufwies (p < 0,005). Несмотря на то, что было зафиксировано указанное выше хорошее статистическое соответствие, критерий хи-квадрат (критерий Макнемара) показал, что результат анализа Sansure Biotech имеет статистически значимое различие по сравнению с CRS (p < 0,005). Obwohl die gute statistische Übereinstimmung oben aufgezeichnet wurde, zeigte der Chi-Quadrat-Test (McNemar-Test), dass das Ergebnis des Sansure Biotech-Assays einen statistisch signifikanten Unterschied im Vergleich zum CRS aufwies (p < 0,005)."" 。。。）））） Несмотря на отмеченное выше хорошее статистическое соответствие, критерий хи-квадрат (критерий Макнемара) показал статистически значимую разницу (p < 0,005) между анализом Sansure Biotech и CRS. Trotz der oben erwähnten guten statistischen Übereinstimmung zeigte der Chi-Quadrat-Test (McNemar-Test) einen statistisch signifikanten Unterschied (p < 0,005) zwischen dem Sansure Biotech Assay und dem CRS.Sechs Proben (3,66 %) erwiesen sich im Vergleich zu CRS als falsch negativ (Ergänzungstabelle 1);Dies ist sehr wichtig, insbesondere angesichts der Übertragungsdynamik des Virus.Auch die oben genannten Daten stützen diese niedrige Erkennungsrate15.
In dieser Studie wurden die Ct-Werte für jeden Assay und die jeweilige Plattform bestimmt, wobei der niedrigste mittlere Ct-Wert im SARS-CoV-2-Assay von Abbott gemeldet wurde.Dieses Ergebnis könnte mit Abbotts simultan kombiniertem Gentestsystem zum Nachweis von SARS-CoV-2 zusammenhängen.Daher hatten gemäß Abbildung 1 87,6 % der SARS-CoV-2-Ergebnisse von Abbott Ct-Werte unter 20. Nur eine kleine Anzahl von Probenergebnissen (12,4 %) lagen im Bereich von 20 bis 30.Ct-Werte über 30 wurden nicht erfasst.Neben Abbotts Verwendung des SARS-CoV-2-Panel-Gentestformats kann dieses Ergebnis mit der unteren Nachweisgrenze (32,5 RNA-Kopien/ml)18 zusammenhängen, die dreimal niedriger ist als die Untergrenze des Unternehmens von 100 RNA-Kopien /ml.ml)19.
Diese Studie hat einige Einschränkungen: Erstens haben wir aufgrund fehlender Ressourcen keine Standard-/Referenzmethoden [wie Viruslast oder andere Labortests (LDA)].Zweitens waren alle in dieser Studie verwendeten Proben Nasen-Rachen-Abstriche, während die Ergebnisse nicht auf andere Probentypen anwendbar waren, und drittens war unsere Probengröße klein.
Diese Studie verglich die Leistung von vier rRT-PCR-Assays für SARS-CoV-2 unter Verwendung von Nasen-Rachen-Proben.Mit Ausnahme des Assays von Sansure Biotech zeigten alle Nachweisassays eine nahezu vergleichbare Leistung. Außerdem wurde die niedrige Positivitätsrate im Sansure Biotech-Test im Vergleich zum CRS identifiziert (p < 0,05). Außerdem wurde die niedrige Positivitätsrate im Sansure Biotech-Test im Vergleich zum CRS identifiziert (p < 0,05). Als Ergebnis wurde Sansure Biotech von Sansure Biotech überzeugt, dass die Ergebnisse mit CRS (p < 0,05) bewertet wurden. Darüber hinaus zeigte der Sansure Biotech-Test im Vergleich zu CRS einen geringen Prozentsatz positiver Ergebnisse (p < 0,05).此外，与CRS 相比，Sansure Biotech 检测的阳性率较低(p < 0.05)。此外，与CRS 相比，Sansure Biotech 检测的阳性率较低(p < 0.05)。 Кроме того, анализ Sansure Biotech имел более низкий уровень положительных результатов по сравнению с CRS (p < 0,05). Darüber hinaus hatte der Sansure Biotech Assay eine niedrigere Positivitätsrate im Vergleich zu CRS (p < 0,05).Die Sansure Biotech nCoV-2019 (RUO)-Analyse von PPA, NPA und Gesamtübereinstimmung überstieg 93,5 % mit einem Cohen-Kappa-Übereinstimmungswert von 0,925.Schließlich muss der Sansure Biotech Assay (RUO) für die Verwendung in Äthiopien weiter validiert werden, und zusätzliche Forschung sollte in Betracht gezogen werden, um die Behauptungen einzelner Hersteller zu bewerten.
Das vergleichende Studiendesign wurde in vier Gesundheitseinrichtungen in Addis Abeba, dem Eka Kotebe Hospital, dem Millennium Church Treatment Centre, dem Zewooditu Memorial Hospital und dem St. Peter's Tuberculosis Specialist Hospital durchgeführt.Die Daten wurden zwischen dem 1. und 31. Dezember 2020 erhoben. Die medizinischen Einrichtungen für diese Studie wurden aufgrund ihrer hohen Fallzahlen und der Verfügbarkeit großer Behandlungszentren in der Stadt gezielt ausgewählt.In ähnlicher Weise wurden Instrumente, einschließlich der Echtzeit-PCR-Instrumente ABI 7500 und Abbott m2000, gemäß den Empfehlungen der Hersteller von NAAT-Reagenzien ausgewählt, und für diese Studie wurden vier PCR-Nachweiskits ausgewählt, wie sie die meisten Labors in Äthiopien mindestens verwendeten vier von ihnen.Gentest, Abbott SARS-CoV-2-Test, Sansure Biotech-Test und SARS-CoV-2-BGI-Test, die während der Studie durchgeführt wurden).
Die Tests auf SARS-CoV-2 wurden vom 1. bis 30. Dezember 2020 unter Verwendung von 3 ml Viral Transport Medium (VTM) (Miraclean Technology, Shenzhen, China) von Personen durchgeführt, die auf COVID-19 untersucht und an EPHI verwiesen wurden.Nasopharyngeale Proben wurden von geschulten Probensammlern gesammelt und in Dreierpackungen an EPHI geschickt.Vor der Nukleinsäureisolierung wird jeder Probe eine eindeutige Identifikationsnummer zugewiesen.Die Extraktion wird von jeder Probe sofort nach Ankunft mit manuellen und automatischen Extraktionsmethoden durchgeführt.Somit wurden für die automatische Extraktion von Abbott m2000 1,3 ml (einschließlich 0,8 ml Totvolumen und 0,5 ml Extraktionseinlassvolumen) der Probe aus jeder Probe extrahiert und durch das Abbott DNA Sample Preparation System (Abbott Molecular Inc. des Plaines, Il, USA).) Eine Charge von 96 [92 Proben, zwei Nachweiskontrollen und zwei Nicht-Template-Kontrollen (NTC)] wurde in den Gesamtprozess (Abruf und Nachweis) von zwei Runden von SARS-CoV-2 (EUA) in Echtzeit einbezogen.Bergbau.Verwenden Sie in ähnlicher Weise für die manuelle Extraktion dieselben Proben (für die automatische Extraktion und Entdeckung).Daher wurden während des gesamten Prozesses 140-µl-Proben aliquotiert und mit dem QIAamp Viral RNA Mini Kit (QIAGEN GmbH, Hilden, Deutschland) in Chargen von 24 (einschließlich 20 Proben, zwei Assay-Kontrollen und zwei NTCs) über neun Runden extrahiert.Manuell extrahierte Eluate wurden amplifiziert und mit einem ABI 7500-Thermocycler unter Verwendung des SARS-CoV-2-BGI-Assays, des Daan-Gen-Assays und des Sansure-Biotech-Assays nachgewiesen.
Die automatisierte Isolierung und Reinigung der viralen RNA von SARS-CoV-2 folgt dem Prinzip der magnetischen Kügelchen unter Verwendung von Abbott-DNA-Probenvorbereitungsreagenzien.Die Inaktivierung von Proben und Solubilisierung viraler Partikel wird unter Verwendung eines Detergens durchgeführt, das Guanidinisothiocyanat enthält, um das Protein zu denaturieren und RNase zu inaktivieren.Anschließend wird die RNA vom Protein durch Festphasentrennung mit Kieselgel getrennt, dh das Guanidiniumsalz und der alkalische pH-Wert des Lysepuffers fördern die Bindung der Nukleinsäuren an das Kieselgel (SiO2).Der Spülschritt entfernt verbleibende Proteine und Trümmer, um eine klare Lösung zu erzeugen.Durch das Magnetfeld des Instruments wird transparente RNA aus Mikropartikeln auf Siliziumdioxidbasis isoliert20,21.Andererseits erfolgt die manuelle Isolierung und Aufreinigung von RNA durch die Spin-Column-Methode unter Verwendung von Zentrifugation anstelle eines Magnetständers und Abtrennung von Mikropartikeln aus dem Elutionsmittel.
Der Abbott Real-Time SARS-CoV-2 Detection Test (Abbott Molecular, Inc.) wurde gemäß den Anweisungen des Herstellers durchgeführt, der EUA19,22 von der WHO und der FDA erhielt.In diesem Protokoll wurde die Probeninaktivierung vor der Extraktion 30 min lang in einem Wasserbad bei 56 °C durchgeführt.Nach der Virusinaktivierung wurde die Nukleinsäureextraktion auf einem Abbott-m2000-SP-Instrument aus 0,5 ml VTM unter Verwendung eines Abbott-m2000-DNA-Probenvorbereitungssystems durchgeführt.laut Hersteller.Amplifikation und Detektion wurden unter Verwendung eines Abbott m2000 RT-PCR-Instruments durchgeführt, und es wurde eine Doppeldetektion für die RdRp- und N-Gene durchgeführt.ROX) und VIC P (proprietärer Farbstoff) für das Targeting und den Nachweis interner Kontrollen, was den gleichzeitigen Nachweis beider Amplifikationsprodukte ermöglicht 19 .
Die Amplifikations-Nachweismethode dieses Kits basiert auf der einstufigen RT-PCR-Technologie.Die ORF1a/b- und N-Gene wurden von Daan Gene Technology als konservierte Regionen ausgewählt, um die Amplifikation der Zielregion nachzuweisen.Spezifische Primer und fluoreszierende Sonden (mit FAM markierte N-Gensonden, mit VIC markierte ORF1a/b-Sonden) wurden entwickelt, um SARS-CoV-2-RNA in Proben nachzuweisen.Der endgültige Eluent und die Master-Mischungen wurden hergestellt, indem 5 &mgr;l Eluent zu 20 &mgr;l der Master-Mischung auf ein Endvolumen von 25 &mgr;l gegeben wurden.Amplifikation und Detektion wurden simultan auf einem ABI 750024 Echtzeit-PCR-Instrument durchgeführt.
Die ORF1a/b- und N-Gene wurden mit dem Sansure Biotech nCoV-2019 Nucleic Acid Diagnostic Kit (Fluoreszenz-PCR-Nachweis) nachgewiesen.Bereiten Sie spezifische Sonden für jedes Zielgen vor, indem Sie den FAM-Kanal für die ORF1a/b-Region und den ROX-Kanal für das N-Gen auswählen.Zu diesem Assay-Kit werden Elutionsmittel und Master-Mix-Reagenzien wie folgt hinzugefügt: Bereiten Sie 30 µl Master-Mix-Reagenz und 20 µl eluierte Probe für den Nachweis/die Amplifikation vor.Real-time PCR ABI 750025 wurde zur Amplifikation/Detektion verwendet.
Der SARS-CoV-2 BGI-Test ist ein fluoreszierendes Echtzeit-rRT-PCR-Kit zur Diagnose von COVID-19.Die Zielregion befindet sich in der ORF1a/b-Region des SARS-CoV-2-Genoms, bei der es sich um eine Einzelgen-Nachweismethode handelt.Darüber hinaus ist das menschliche Haushaltsgen β-Aktin ein intern reguliertes Zielgen.Der Master-Mix wird durch Mischen von 20 µl des Master-Mix-Reagenzes und 10 µl der extrahierten RNA-Probe in einer Wellplatte26 hergestellt.Zur Amplifikation und Detektion wurde ein ABI 7500 fluoreszierendes quantitatives Echtzeit-PCR-Instrument verwendet.Alle Nukleinsäureamplifikationen, PCR-Laufbedingungen für jeden Assay und Interpretation der Ergebnisse wurden gemäß den Anweisungen des jeweiligen Herstellers durchgeführt (Tabelle 3).
In dieser Vergleichsanalyse haben wir die Referenzstandardmethode nicht verwendet, um die prozentuale Übereinstimmung (positiv, negativ und insgesamt) und andere Vergleichsparameter für die vier Analysen zu bestimmen.Jeder Testvergleich wurde mit CRS durchgeführt, in dieser Studie wurde der CRS durch die Regel „beliebig positiv“ festgelegt und das Ergebnis wurde bestimmt, nicht durch einen einzelnen Test, wir verwendeten mindestens zwei übereinstimmende Testergebnisse.Darüber hinaus sind im Falle einer COVID-19-Übertragung falsch negative Ergebnisse gefährlicher als falsch positive Ergebnisse.Um aus einem CRS-Ergebnis so genau wie möglich „positiv“ zu sagen, müssen daher mindestens zwei Assay-Tests positiv sein, was bedeutet, dass mindestens ein positives Ergebnis wahrscheinlich von einem EUA-Assay stammt.Somit werden von vier Testergebnissen zwei oder mehr Testergebnisse, die dasselbe Ergebnis liefern, als richtig positiv oder negativ betrachtet18,27.
Die Daten wurden mit strukturierten Datenextraktionsformularen gesammelt, die Dateneingabe und -analyse erfolgte mit der Statistiksoftware Excel und SPSS Version 23.0 für deskriptive Statistiken.Positive, negative und prozentuale Gesamtübereinstimmung wurden analysiert, und ein Kappa-Score wurde verwendet, um den Grad der Übereinstimmung jeder Methode mit CRS zu bestimmen.Kappa-Werte werden wie folgt interpretiert: 0,01 bis 0,20 für leichte Übereinstimmung, 0,21 bis 0,40 für allgemeine Übereinstimmung, 0,41–0,60 für mittlere Übereinstimmung, 0,61–0,80 für große Übereinstimmung und 0,81–0,99 für vollständige Übereinstimmung28.
Die ethische Genehmigung wurde von der Universität von Addis Abeba eingeholt und alle experimentellen Protokolle für diese Studie wurden vom Scientific Ethics Review Board des Ethiopian Public Health Institute genehmigt.Die Referenznummer für die EPHI-Ethiklizenz lautet EPHI/IRB-279-2020.Alle Methoden wurden in Übereinstimmung mit den Empfehlungen und Bestimmungen der Äthiopischen Nationalen Umfassenden Richtlinien für die Behandlung von COVID-19 angewendet.Darüber hinaus wurde vor der Teilnahme an der Studie von allen Studienteilnehmern eine schriftliche Einverständniserklärung eingeholt.
Alle in dieser Studie gewonnenen oder analysierten Daten sind in diesem veröffentlichten Artikel enthalten.Daten, die die Ergebnisse dieser Studie unterstützen, sind auf begründete Anfrage vom jeweiligen Autor erhältlich.
Weltgesundheitsorganisation.Recommendations for Laboratory Testing Strategies for COVID-19: Interim Guidance, 21. März 2020 Nr. WHO/2019-nCoV/lab_testing/2020.1 (WHO, 2020).
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Mouliou, DS, Ioannis, P. & Konstantinos, G. COVID-19-Diagnose in der Notaufnahme: Den Baum sehen, aber den Wald verlieren. Mouliou, DS, Ioannis, P. & Konstantinos, G. COVID-19-Diagnose in der Notaufnahme: Den Baum sehen, aber den Wald verlieren.Mouliou, DS, Ioannis, P. und Konstantinos, G. COVID-19-Diagnose in der Notaufnahme: See the Tree, Lose the Forest.Muliou DS, Ioannis P. und Konstantinos G. COVID-19-Diagnose in Notaufnahmen: Nicht genug Wald für die Bäume.In Erscheinung treten.Medizin.J. https://doi.org/10.1136/emermed-2021-212219 (2022).
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Postzeit: 08. Dezember 2022