Leistung von vier Nukleinsäures-Assays zur Identifizierung von SARS-CoV-2 in Äthiopien

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Seit der Coronavirus-Krankheit 2019 (COVID-19) wurden weltweit viele kommerzielle Nukleinsäure-Amplifikationstests (NAATs) entwickelt und sind zu Standard-Assays geworden. Obwohl schnell mehrere Tests entwickelt und auf Labordiagnosetests angewendet wurden, wurde die Leistung dieser Tests in verschiedenen Umgebungen nicht bewertet. Daher zielte diese Studie darauf ab, die Leistung der Abbott SARS-COV-2, DAAN-Gen-, BGI- und Sansure-Biotech-Assays unter Verwendung des Composite Reference Standard (CRS) zu bewerten. Die Studie wurde vom 1. bis 30. Dezember 2020 am äthiopischen Public Health Institute (EPHI) durchgeführt. 164 Nasopharyngeale Proben wurden unter Verwendung des QIAamp -RNA -Mini -Kits und des Abbott -DNA -Probenvorbereitungssystems extrahiert. Von 164 Proben waren 59,1% positiv und 40,9% für CRS negativ. Die Sansur -Biotech -Positivität war im Vergleich zu CRS signifikant niedrig (p <0,05). Die Sansur -Biotech -Positivität war im Vergleich zu CRS signifikant niedrig (p <0,05). Положительiges реззnehmisches Sansure Biotech, ыли значительно ниже п und с вненененению с crs (p <0,05). Die positiven Ergebnisse von Sansure Biotech waren im Vergleich zu CRS signifikant niedriger (p <0,05).与 crs 相比 ， Sansure Biotech 的阳性率显着较低（ p <0,05 ）。与 crs 相比 ， Sansure Biotech 的阳性率显着较低（ p <0,05 ）。 Ihr Sansure Biotech m ыло значительно меншш положительных рзлллUNness Sansure Biotech hatte im Vergleich zu CRS signifikant weniger positive Ergebnisse (P <0,05).Die Gesamtvereinbarung der vier Analysen betrug 96,3–100% im Vergleich zu CRS. Zusätzlich zur niedrigen Positivitätsrate des Sansur -Biotech -Assays war die Leistung der vier Assays nahezu vergleichbar. Daher erfordert der Sansure Biotech [nur Forschungsstudium (RUO)] Assay eine zusätzliche Validierung für die Verwendung in Äthiopien. Schließlich sollten zusätzliche Untersuchungen in Betracht gezogen werden, um Assays mit den Ansprüchen des Herstellers zu bewerten.
Laboruntersuchungen sind Teil des Strategieplans der Weltgesundheitsorganisation (WHO) für die Bereitschaft und Reaktion (SPRP) für Coronavirus Disease 2019 (CoVID-19). Wer empfiehlt, dass die Länder die Laborkapazität aufbauen müssen, um die Bereitschaft, das ordnungsgemäße Fallmanagement, die Wachsamkeit und die schnelle Reaktion auf die Herausforderungen der öffentlichen Gesundheit zu verbessern. Dies deutet darauf hin, dass die Rolle des Labors der Schlüssel zur Charakterisierung der Krankheit und der Epidemiologie von aufstrebenden Infektionsmitteln und zur Kontrolle ihrer Ausbreitung ist.
Die Diagnose von Covid-19 erfordert epidemiologische und medizinische Informationen, persönliche Symptome/Anzeichen sowie röntische und Labordaten2. Seit dem Covid-19-Ausbruch wurden weltweit in Wuhan, China, viele kommerzielle Nukleinsäuretests (NAATs) entwickelt. Die Respekt der Reverse-Transkriptionspolymerase-Kettenreaktion (RRT-PCR) in Echtzeit wurde als Routine und Standardmethode zur Labordiagnose einer schweren Infektion mit akutem Atemsyndrom 2 (SARS-CoV-2) 3 verwendet. Der molekulare Nachweis von SARS-COV-2 basiert typischerweise auf dem N (Nucleocapsid-Protein-Gen), E (Hüllproteingen) und RDRP (RNA-abhängiges RNA-Polymerase-Gen) in ORF1A/B (offener Leserahmen 1A/b). Gen) Region, die aus dem viralen Genom identifiziert wurde. Sie gelten als die wichtigsten konservierten Regionen, die in Virusgenomen für die Viruserkennung gefunden wurden4. Unter diesen Genen weisen die RDRP- und E -Gene eine hohe analytische Nachweisempfindlichkeit auf, während das N -Gen eine niedrige analytische Empfindlichkeit aufweist55.
Die Leistung von PCR -Assays kann je nach verschiedenen Faktoren variieren, wie z. Ab April 2020 haben mehr als 48 verschiedene diagnostische Geräte aus neun Ländern eine Notfallvermittlung (EUA) für die COVID-196-Diagnostik erhalten. In Äthiopien werden mehr als 14 Echtzeit-PCR-Plattformen zur PCR-Erkennung von SARS-COV-2 bei 26 öffentlichen Gesundheitsinstitutionen verwendet, darunter ABI 7500, Abbott M2000, Roche 48000 und Quant-Studio7. Darüber hinaus sind verschiedene PCR-Testkits verfügbar, wie der Daan-Gentest, der Abbott SARS-CoV-2-Test, der Sansurbiotech-Test und der SARS-CoV-2-BGI-Test. Obwohl RRT-PCR hochempfindlich ist, berichten einige Patienten mit CoVID-19 falsch negativer Ergebnisse aufgrund unzureichender Kopien von Virus-Ribonukleinsäure (RNA) in Proben aufgrund von unsachgemäßer Sammlung, Transport, Lagerung und Handhabung und Laboruntersuchungen. Bedingungen und Maßnahmen des Personals8. Zusätzlich können Proben- oder Kontrollmishandlungen, Zyklusschwellenwert (CT) und Kreuzreaktivität mit anderen pathogenen Nukleinsäuren oder inaktiven/restlichen SARS-CoV-2-RNA zu falsch positiven Ergebnissen in RRT-PCR9-Assays führen. Daher ist klar, dass PCR -Tests tatsächlich Träger von Genfragmenten identifizieren können, da sie nicht einmal zwischen wirklich aktiven viralen Genen unterscheiden können, sodass die Tests nur Träger identifizieren können und nicht zwischen Patienten10. Daher ist es wichtig, die diagnostische Leistung anhand von Standardmethoden in unserer Umgebung zu bewerten. Obwohl viele NAAT -Reagenzien am äthiopischen Public Health Institute (Ephi) und im ganzen Land verfügbar sind, wurde noch keine vergleichende Bewertung ihrer Wirksamkeit berichtet. Daher zielte diese Studie darauf ab, die vergleichende Leistung von kommerziell erhältlichen Kits zur Erkennung von SARS-CoV-2 durch RRT-PCR unter Verwendung klinischer Proben zu bewerten.
In dieser Studie wurden insgesamt 164 Teilnehmer mit mutmaßlich COVID-19 einbezogen. Die Mehrheit der Proben stammte aus Behandlungszentren (118/164 = 72%), während die verbleibenden 46 (28%) Teilnehmer aus Nichtbehandlungszentren stammten. Unter den im Zentrum nicht behandelten Teilnehmern hatten 15 (9,1%) klinisch vermutete Fälle und 31 (18,9%) Kontakte bestätigter Fälle. Neunundneunzig (56,7%) Teilnehmer waren männlich, und das mittlere (± SD) Alter der Teilnehmer betrug 31,10 (± 11,82) Jahre.
In dieser Studie wurden positive und negative Raten von vier Tests für Covid-19 bestimmt. Somit betrugen die positiven Raten des Abbott SARS-CoV-2-Assays, des Daan Gene 2019-NCOV-Assays, des SARS-CoV-2-BGI-Assays und des Sansure Biotech 2019-NCOV-Assays 59,1%, 58,5%, 57,9% bzw. 55,5%. Die positiven und negativen Verbundreferenzstandardwerte (CRS) betrugen 97 (59,1%) bzw. 67 (40,9%) (Tabelle 1). In dieser Studie basierte die Definition von CRS auf der „jeder positiven“ Regel, bei der von vier Testergebnissen, zwei oder mehr Testergebnissen, die dasselbe Ergebnis ergaben, als echte positive oder negative.
In dieser Studie fanden wir für alle Analysen eine negative prozentuale Übereinstimmung (NPA) von 100% (95% CI 94,6–100) im Vergleich zu CRS. Die Sansur-Biotechnologieanalyse zeigte eine minimale PPA von 93,8% (95% CI 87,2-97,1) und die Analyse von Daan Gene 2019-NCOV hatte eine Gesamtvereinbarung von 99,4% (95% CI 96,6-99,9). Im Gegensatz dazu betrug die Gesamtvereinbarung zwischen dem SARS-COV-2-BGI-Assay und dem Sansure Biotech 2019-NCOV-Assay 98,8% bzw. 96,3% (Tabelle 2).
Cohens Kappa-Übereinstimmungskoeffizient zwischen CRS und Abbott SARS-CoV-2-Assay-Ergebnissen war vollständig konsistent (K = 1,00). In ähnlicher Weise stimmen Cohens Kappa-Werte, die von Daan Gene 2019-NCOV, SARS-COV-2 BGI und Sansure Biotech 2019-NCOV nachgewiesen wurden, ebenfalls vollständig mit CRS überein (K ≥ 0,925). In dieser vergleichenden Analyse zeigte der Chi-Quadrat-Test (McNemar-Test), dass sich die Ergebnisse der Sansure Biotech 2019-NCOV-Assay-Ergebnisse signifikant von den CRS-Ergebnissen unterschieden (p = 0,031) (Tabelle 2).
Wie in Abb. 1 gezeigt.1 Der Prozentsatz des niedrigsten CT-Werts (<20 ct) des Abbott-SARS-CoV-2-Assays (kombiniertes RDRP und N-Gen) betrug 87,6% und ORF1A/B-Gen-CT-Wert des Sansurbiotech-Assays 2019-NCOV-Assays, dass der Prozentsatz des niedrigen CT-Werts (<20 CT) 3,2% betrug (36–40 CT). 1 Der Prozentsatz des niedrigsten CT-Werts (<20 ct) des Abbott-SARS-CoV-2-Assays (kombiniertes RDRP und N-Gen) betrug 87,6% und ORF1A/B-Gen-CT-Wert des Sansurbiotech-Assays 2019-NCOV-Assays, dass der Prozentsatz des niedrigen CT-Werts (<20 CT) 3,2% betrug (36–40 CT).Wie in Abb. 1 gezeigt.1, процент наименьшего значения Ct (< 20 Ct) анализа Abbott SARS-CoV-2 (комбинированный ген RdRp и N) составил 87,6%, а значение Ct гена Orf1a/b анализа Sansure Biotech 2019-NCOV показало что процент низког значения ct (<20 Ct) со & § 50,3%(36-11-40 а ы & ы зanten) зoge (з з зокооое еoge) состав abl. 3,2%. 1, der Prozentsatz der niedrigsten CT-Wert (<20 CT) von Abbott SARS-CoV-2 (kombiniertes Gen-RDRP und N) betrug 87,6%, und der CT-Wert von ORF1A/B-Genanalyse von Sansure Biotech 2019-NCOV zeigte, dass der Prozentsatz des niedrigen CT-Werts (<20 ct).如图 1 所示 ， Abbott SARS-CoV-2 检测（结合 RDRP 和 n 基因）的最低 ct 值百分比（ <20 ct ）为 87,6%， Sansurbiotech 2019-NCOV 检测的 orf1a/b 基因 ct 值显示低 ct 值 (<20 ct) 的百分比为 50,3%， 高 值 值 (36–40 CT) 的百分比为 3.2%。 高 值 (36–40 ct) 的百分比为 3.2%。 高 值 (36–40 ct) 的百分比为 3.2%， 高 值 (36–40 ct) 的百分比为 3.2%， 高 值 (36–40 ct) Wie in 1 gezeigt, beträgt der niedrigste CT-Wertprozentsatz (<20 CT) des Abbott-SARS-CoV-2-Tests (Kombination von RDRP und N-Gen) 87,6%, der ORF1A/B-Gen-CT-Wert des Sansurbiotech-Tests 2019-NCOV-Tests mit niedrigem CT 值 (<20 CT). Как показано на ринке 1, анализ Abbott SARS-CoV-2 (счетающий г г и rdrp и n) име самwirkungen раззере 87,6%, а значение ct г г organ orf1a/b в и & иеедовании sansure biotech 2019- анализ ncov пказал нкий ct. Wie in Abbildung 1 gezeigt, hatte der Abbott SARS-CoV-2-Assay (kombiniert die RDRP- und N-Gene) den niedrigsten Prozentsatz CT-Wert (<20 ct) bei 87,6%, während der CT-Wert des ORF1A/B-Gens in der Sansure Biotech 2019-Studie-die Analyse von NCOV ein niedriges CT zeigte. Пatur цент значений (<20 ct) составил 50,3%, а процент ы ыих значений ct (36–40 ct) Der Prozentsatz der Werte (<20 ct) betrug 50,3%und der Prozentsatz der hohen CT -Werte (36–40 ct) 3,2%.Der Abbott SARS-CoV-2 B-Test erfasste CT-Werte über 30. Andererseits hatte das ORF1A/B-Gen des BGI SARS-CoV-2-Assays einen hohen CT-Wert (> 36 CT) 4% (Abb. 1). Andererseits hatte das ORF1A/B-Gen des BGI SARS-CoV-2-Assays einen hohen CT-Wert (> 36 CT) 4% (Abb. 1). С другой стороны, в анализе BGI SARS-CoV-2 ген ORF1a/b имел высокое значение Ct (> 36 Ct), процент которого составлял 4% (рис. 1). Andererseits hatte bei der Analyse des BGI SARS-CoV-2-Gens orf1a/b einen hohen CT-Wert (> 36 CT), dessen Prozentsatz 4% betrug (Abb. 1).另一方面 ， 在 BGI SARS-COV-2 检测中 ， orf1a/b 基因具有高 ct 值（> 36 ct ）的百分比为 4%（图 1 ）。 Andererseits beträgt der Prozentsatz des ORF1A/B-Gens mit einem hohen CT-Wert (> 36 ct) bei BGI SARS-CoV-2-Nachweis 4% (Abbildung 1). С друг й стороны, в анализе bgi sars-cov-2 процент генов orf1a/b с ысокиgst значения & iges (> 36 ct) сы & м 4% (рия & р р & р р р & р р р & р р р р & 1)). 1). 1). 1). 1). Andererseits betrug der Prozentsatz der ORF1A/B-Gene mit hohen CT-Werten (> 36 ct) 4% (Abb. 1).
In dieser Studie haben wir 164 nasopharyngeale Proben entnommen. Für alle Arten von Assays wurde die RNA -Isolierung und -verstärkung unter Verwendung der von den jeweiligen Herstellern empfohlenen Methoden und Kits durchgeführt.
Diese Studie zeigte, dass Abbotts Test für SARS-COV-2 die gleiche Erkennungsleistung wie CRS mit 100% positiv, negativ und insgesamt übereinstimmt. Die Kappa -Vereinbarung von Cohen beträgt 1,00, was auf eine vollständige Übereinstimmung mit CRS hinweist. Eine ähnliche Studie der Universität Washington in den USA ergab, dass die allgemeine Sensibilität und Spezifität des Abbott-Tests für SARS-COV-2 im Vergleich zum Labor-bestimmten Assay (LDA) der CDC bei 93% bzw. 100% betrug. 11. Das Abbott SARS-COV-2-Detektionssystem basiert auf dem gleichzeitigen kombinierten Nachweis der N- und RDRP-Gene, da beide Gene empfindlicher sind und falsch negative minimieren12. Eine Studie in Wien, Österreich, zeigte auch, dass große Extraktionsprobenvolumina und Detektionen Eluentenvolumina die Verdünnungseffekte und erhöhte Detektionseffizienz minimierte13. Daher kann Abbotts perfekte Übereinstimmung für den SARS-CoV-2-Assay mit einem Plattform-Erkennungssystem zugeordnet werden, das gleichzeitig kombinatorische Gene erkennt, eine große Anzahl von Proben (0,5 ml) extrahiert und eine große Menge an Eluenten (40 ul) verwendet.
Unsere Ergebnisse zeigten auch, dass die Erkennungsleistung des DAAN -Gentests fast der von CRS entsprach. Dies steht im Einklang mit einer Studie14, die an der Anhui University in Huainan, China, durchgeführt wurde, und der Behauptung des Herstellers auf 100% positive Vereinbarung. Trotz Berichten über konsistente Ergebnisse war eine Stichprobe nach dem erneuten Testen desselben Eluates falsch negativ, war jedoch in den Assays der Abbott SARS-CoV-2 und in Sansure Biotech NCOV-2019 positiv. Dies deutet darauf hin, dass die Ergebnisse in verschiedenen Arten von Assays unterschiedlich sein können. In der in China15 durchgeführten Studie war das Ergebnis des Daan-Gen-Assays im Vergleich zu ihrem Labor-definierten Referenzassay signifikant unterschiedlich (p <0,05). In der in China15 durchgeführten Studie war das Ergebnis des Daan-Gen-Assays im Vergleich zu ihrem Labor-definierten Referenzassay signifikant unterschiedlich (p <0,05). Те не менеgst, в и и & и ланиwohl, проведеннfolgen лабораторнützen эталfolgen In einer Studie in China15 war das Analyseergebnis von DAAN Gen jedoch signifikant unterschiedlich (p <0,05) von ihrer Laborreferenzanalyse.然而 ， 在中国进行的研究中 15 ， 大安基因检测的结果与其实验室定义的参考检测相比有显着差异（ p <0,05 ）。然而 ， 在中国进行的研究中 15 ， 大安基因检测的结果与其实验室定义的参考检测相比有显着差 <0,05 Онако в и & лeicht сравнению с ег эталfolgen In einer Studie in China15 waren die Ergebnisse des DAAN -Gentests jedoch signifikant unterschiedlich (p <0,05) im Vergleich zu seinem Referenzlabortest.Diese Diskrepanz kann auf die Empfindlichkeit des Referenztests zur Erkennung von SARS-CoV-2 zurückzuführen sein, und weitere Studien können wichtig sein, um die Ursache zu bestimmen.
Darüber hinaus bewertete unsere Studie die vergleichende Leistung des SARS-CoV-2-BGI-Assays mit CRS und zeigte eine hervorragende positive prozentuale Übereinstimmung (PPA = 97,9%), eine negative prozentuale Übereinstimmung (NPA = 100%) und die Gesamtprozentvereinbarung nach Geschlecht (OPA). ). = 98,8%). Die Kappa -Werte von Cohen zeigten eine gute Übereinstimmung (K = 0,975). Studien in den Niederlanden16 und China15 haben konsistente Ergebnisse gezeigt. Der SARS-COV-2-BGI-Test ist ein einzelnes Gen (ORF1A/B) -Detektionstest unter Verwendung von 10 & mgr; l Amplifikation/Nachweiseluat. Trotz einer guten statistischen Übereinstimmung mit unseren Referenzergebnissen verpasste die Analyse zwei positive Stichproben (1,22%) der Gesamtstichprobe. Dies kann enorme klinische Auswirkungen auf die Übertragungsdynamik sowohl auf Patienten- als auch auf Gemeindeebene haben.
Eine weitere in dieser Studie einbezogene vergleichende Analyse war der Sansure Biotech NCOV-2019 RRT-PCR (RUO) -Assay; Der Gesamt -Match -Prozentsatz betrug 96,3%. Die Stärke der Übereinstimmung wurde auch durch den Kappa -Wert des Cohen von 0,925 bestimmt, was auf die vollständige Übereinstimmung mit den CRS hinweist. Unsere Ergebnisse sind wiederum identisch mit Studien, die an der Central South University in Changsha, China, und im klinischen Laborministerium des Volkskrankenhauses Liuzhou, Liuzhou City, China17, durchgeführt wurden. Obwohl die oben genannte gute statistische Konkordanz aufgezeichnet wurde, zeigte der Chi-Quadrat-Test (Macnemar-Test), dass das Ergebnis des Sansur-Biotech-Assays einen statistisch signifikanten Unterschied im Vergleich zu CRS hatte (p <0,005). Obwohl die oben genannte gute statistische Konkordanz aufgezeichnet wurde, zeigte der Chi-Quadrat-Test (Macnemar-Test), dass das Ergebnis des Sansur-Biotech-Assays einen statistisch signifikanten Unterschied im Vergleich zu CRS hatte (p <0,005). Нес–тя на т ч ччччзаооксировано казанное ыше хорошш статиighsprechen к ххатwirkungen, крий кUN, к кUN, крий кwirkungen,, крий кUN, к кUN, крий кwirkungen, (критерий макнеgstesse) показал, что реззллUNid ттат анализа sansure biotech и & мее р & р р р р р р р р р р р р р рз & зeicht 0,005). Obwohl die obige gute statistische Vereinbarung aufgezeichnet wurde, zeigte der Chi-Quadrat-Test (McNemar-Test), dass das Ergebnis des Sansure Biotech-Assays einen statistisch signifikanten Unterschied im Vergleich zu den CRs aufwies (p <0,005).尽管记录了上述良好的统计一致性 ， 但卡方检验（ MacNemar 检验）表明 ， Sansurbiotech 检测的结果与 Crs 相比具有统计学显着差异（ p <0,005 ）。" Несellt хе н отш меччное ыше хороше стаисчgr. Хе сотвеsprochen, к кUNT иританериwirkungen, (к кр & кр & кр & мн & мkunft) к к & мkunft (к критт & unktion м & ма & achten статистически значчмю разницц (p <0,005) между анализз м sansure biotech и crs. Trotz der oben angegebenen guten statistischen Vereinbarung zeigte der Chi-Quadrat-Test (McNemar-Test) einen statistisch signifikanten Unterschied (p <0,005) zwischen dem Sansur-Biotech-Assay und dem CRS.Es wurde festgestellt, dass sechs Proben (3,66%) im Vergleich zu CRS falsch negativ waren (ergänzende Tabelle 1); Dies ist sehr wichtig, insbesondere angesichts der Dynamik der Übertragung des Virus. Die obigen Daten unterstützen auch diese niedrige Erkennungsrate15.
In dieser Studie wurden CT-Werte für jeden Assay und jede jeweilige Plattform ermittelt, wobei der niedrigste mittlere CT-Wert im Abbott SARS-CoV-2-Assay angegeben wurde. Dieses Ergebnis kann mit dem gleichzeitigen kombinierten Gentestsystem von Abbott zusammenhängen, um SARS-COV-2 zu erkennen. Daher hatten 87,6% der Ergebnisse von Abbott SARS-CoV-2 CT-Werte unter 20. Daher lagen daher nur eine geringe Anzahl von Stichprobenergebnissen (12,4%) im Bereich von 20 bis 30. CT -Werte über 30 wurden nicht aufgezeichnet. Zusätzlich zur Verwendung des SARS-CoV-2-Panel-Gentestformates durch Abbott kann dieses Ergebnis mit der niedrigeren Nachweisgrenze (32,5 RNA-Kopien/ml) 18 zusammenhängen, die dreimal niedriger ist als die untere Grenze des Unternehmens von 100 RNA-Kopien/ml. ml) 19.
Diese Studie hat einige Einschränkungen: Erstens haben wir keine Standard-/Referenzmethoden [wie Viruslast oder andere Labortests (LDA)] aufgrund mangelnder Ressourcen. Zweitens waren alle in dieser Studie verwendeten Proben nasopharyngeale Tupfer, während die Ergebnisse nicht für andere Probentypen anwendbar waren, und drittens war unsere Stichprobengröße gering.
Diese Studie verglich die Leistung von vier RRT-PCR-Assays für SARS-CoV-2 unter Verwendung von Nasopharyngealproben. Alle Erkennungsassays hatten eine nahezu vergleichbare Leistung, mit Ausnahme des Sansure Biotech -Assays. Außerdem wurde die niedrige Positivitätsrate im Sansur -Biotech -Assay im Vergleich zu den CRS (p <0,05) identifiziert. Außerdem wurde die niedrige Positivitätsrate im Sansur -Biotech -Assay im Vergleich zu den CRS (p <0,05) identifiziert. К о м т т т т т & achten Sansure biotech ыы ыяллен низкий процент положigh нных резлллUNant тт п с вkunft (p <0,05). Darüber hinaus zeigte der Sansur -Biotech -Test einen niedrigen Prozentsatz der positiven Ergebnisse im Vergleich zu CRS (p <0,05).此外 ， 与 crs 相比 ， Sansure Biotech 检测的阳性率较低 (p <0,05)。此外 ， 与 crs 相比 ， Sansure Biotech 检测的阳性率较低 (p <0,05)。 К о м т т т т аkunft низкий уровень положительных р зззлллoral у у в п пkunft сoge н еkunft (0,05). Darüber hinaus hatte der Sansur -Biotech -Assay im Vergleich zu CRS eine niedrigere Positivitätsrate (p <0,05).Die Sansure Biotech NCOV-2019 (RUO) -Analyse von PPA, NPA und Gesamtvereinbarung überstieg bei einer Cohen-Kappa-Wertstärke von 0,925 93,5%. Schließlich muss der Sansure Biotech Assay (RUO) für die Verwendung in Äthiopien eine weitere Validierung benötigt, und zusätzliche Forschung sollte berücksichtigt werden, um Ansprüche von einzelnen Herstellern zu bewerten.
Vergleichende Studiendesign wurde in vier Gesundheitseinrichtungen in Addis Abeba, dem Eka Kotebe Hospital, dem Millennium Church Treatment Center, dem Zwooditu Memorial Hospital und dem St. Peter Tuberculosis -Spezialisten Hospital durchgeführt. Die Daten wurden zwischen dem 1. und 31. Dezember 2020 gesammelt. Die medizinischen Einrichtungen für diese Studie wurden auf der Grundlage ihrer hohen Anzahl von Fällen und der Verfügbarkeit wichtiger Behandlungszentren in der Stadt absichtlich ausgewählt. In ähnlicher Weise wurden Instrumente, einschließlich der Echtzeit-PCR-Instrumente von ABI 7500 und Abbott M2000, gemäß den Empfehlungen der NAAT-Reagenzienhersteller ausgewählt, und für diese Studie wurden vier PCR-Erkennungskits ausgewählt, da die meisten Laboratorien in Äthiopien mindestens vier von ihnen verwendeten. Gentest, Abbott SARS-COV-2-Test, Sansurbiotech-Test und SARS-CoV-2-BGI-Test, der während der Studie durchgeführt wurde).
Die Tests auf SARS-COV-2 wurden vom 1. bis 30. Dezember 2020 unter Verwendung von 3 ml Virustransportmedium (VTM) (Miraclean Technology, Shenzhen, China) von Personen durchgeführt, die unter der Untersuchung von COVID-19 untersucht wurden. Nasopharyngeale Proben wurden von ausgebildeten Probensammlern gesammelt und in dreifachen Packungen an Ephi geschickt. Vor der Isolierung von Nukleinsäure wird jeder Probe eine eindeutige Identifikationsnummer zugeordnet. Die Extraktion erfolgt aus jeder Probe unmittelbar nach der Ankunft mit manuellen und automatischen Extraktionsmethoden. So wurde für die automatische Extraktion von Abbott M2000 1,3 ml (einschließlich 0,8 ml Totvolumen und 0,5 ml Extraktionseinlassvolumen) der Probe aus jeder Probe extrahiert und durch das Abbott -DNA -Probenvorbereitungssystem (Abbott Molecular Inc. Des Plaines, IL, USA) geführt. ) Eine Stapel von 96 [92 Proben, zwei Nachweiskontrollen und zwei Nicht-Template-Kontrollen (NTC)] wurde in den Gesamtprozess (Abruf und Erkennung) von zwei Runden SARS-COV-2 (EUA) in Echtzeit einbezogen. Bergbau. Verwenden Sie für die manuelle Extraktion dieselben Proben (für die automatische Extraktion und Entdeckung). So wurden während des gesamten Prozesses 140 & mgr; l Proben aliquotiert und unter Verwendung des QIAamp -Virus -RNA -Mini -Kits (Qiagen GmbH, Hilden, Deutschland) in 24 -Runden (einschließlich 20 Proben, zwei Assaykontrollen und zwei NTCs) in neun Runden extrahiert. Manuell extrahierte Eluate wurden amplifiziert und unter Verwendung eines ABI 7500-Wärmezyclers unter Verwendung des SARS-CoV-2-BGI-Assays, des Daan-Gen-Assays und des Sansur-Biotech-Assays nachgewiesen.
Die automatisierte Isolierung und Reinigung der viralen SARS-COV-2-RNA folgt dem Magnetkügelchenprinzip unter Verwendung von Reagenzien für Abbott-DNA-Probenproben. Die Inaktivierung von Proben und die Solubilisierung von Viruspartikeln erfolgt unter Verwendung eines Detergens, das Guanidinisothiocyanat enthält, um das Protein und die Inaktivierung von RNase inaktivieren zu können. Die RNA wird dann durch feste Phasenabtrennung unter Verwendung von Siliciumdioxid, dh das Guanidiniumsalz und den alkalischen pH -Wert des Lysepuffer, vom Protein getrennt. Der Spülschritt beseitigt verbleibende Proteine ​​und Trümmer, um eine klare Lösung zu erzeugen. Die transparente RNA wird aus Mikropartikeln auf Silica-Basis unter Verwendung des Magnetfeldes des Instruments20,21 isoliert. Andererseits wird die manuelle Isolierung und Reinigung von RNA durch die Spinsäulenmethode unter Verwendung von Zentrifugation anstelle eines magnetischen Ständers und der Trennung von Mikropartikeln vom Eluenten durchgeführt.
Der Abbott-Echtzeit-SARS-CoV-2-Detektionstest (Abbott Molecular, Inc.) wurde gemäß den Anweisungen des Herstellers durchgeführt, die EUA19,22 von der WHO und der FDA erhielten. In diesem Protokoll wurde die Inaktivierung der Probe vor der Extraktion 30 min in einem Wasserbad bei 56 ° C durchgeführt. Nach der Inaktivierung der Virus wurde die Nukleinsäurextraktion an einem Abbott M2000 SP -Instrument von 0,5 ml VTM unter Verwendung eines Abbott M2000 -DNA -Probenproben -Systems durchgeführt. Nach Angaben des Herstellers. Amplifikation und Nachweis wurden unter Verwendung eines Abbott M2000 RT-PCR-Instruments durchgeführt, und für die RDRP- und N-Gene wurde eine doppelte Nachweisung durchgeführt. ROX) und VIC P (proprietärer Farbstoff) zum Ziel und Erkennung interner Kontrollen, wodurch die gleichzeitige Erkennung beider Verstärkungsprodukte 19 ermöglicht wird 19.
Die Verstärkungserkennungsmethode dieses Kits basiert auf einer einstufigen RT-PCR-Technologie. Die ORF1A/B- und N -Gene wurden von der DAAN -Gen -Technologie als konservierte Regionen ausgewählt, um die Amplifikation der Zielregion nachzuweisen. Spezifische Primer und fluoreszierende Sonden (N-Gensonden, die mit FAM, ORF1A/B-Sonden markiert sind, mit Vic markiert) wurden zum Nachweis von SARS-CoV-2-RNA in Proben ausgelegt. Die endgültigen Eluenten- und Master -Mischungen wurden durch Zugabe von 5 µl Eluent zu 20 & mgr; l des Master -Mixes zu einem endgültigen Volumen von 25 µl hergestellt. Verstärkung und Nachweis wurden gleichzeitig auf einem ABI 750024-Echtzeit-PCR-Instrument durchgeführt.
Die ORF1A/B- und N-Gene wurden unter Verwendung des Nukleinsäure-Diagnose-Kits von Biotech NCOV-2019 (Fluoreszenz-PCR-Nachweis) nachgewiesen. Bereiten Sie spezifische Sonden für jedes Zielgen vor, indem Sie den FAM -Kanal für die ORF1A/B -Region und den ROX -Kanal für das N -Gen auswählen. Zu diesem Assay -Kit werden wie folgt Eluent- und Master -Mix -Reagenzien zugesetzt: Vorbereiten von 30 & mgr; l Master -Mix -Reagenz und 20 µl eluierte Probe zur Nachweis/Amplifikation. Die Echtzeit-PCR ABI 750025 wurde zur Verstärkung/Erkennung verwendet.
Der SARS-CoV-2-BGI-Test ist ein fluoreszierendes Echtzeit-RRT-PCR-Kit zur Diagnose von Covid-19. Die Zielregion befindet sich in der ORF1A/B-Region des SARS-COV-2-Genoms, eine einzelne Gen-Nachweismethode. Darüber hinaus ist das menschliche Haushaltsgen β-Actin ein intern reguliertes Zielgen. Die Master -Mischung wird durch Mischen von 20 & mgr; l des Master -Mischungsreagens und 10 µl der extrahierten RNA -Probe in einer Brunnenplatte26 hergestellt. Für Verstärkung und Nachweis wurde ein quantitatives Echtzeit-PCR-Instrument von ABI 7500 verwendet. Alle Nukleinsäureamplifikation, PCR -Laufbedingungen für jeden Assay und die Interpretation der Ergebnisse wurden gemäß den Anweisungen des jeweiligen Herstellers durchgeführt (Tabelle 3).
In dieser vergleichenden Analyse haben wir die Referenzstandardmethode nicht verwendet, um die prozentuale Übereinstimmung (positiv, negativ und insgesamt) und andere Vergleichsparameter für die vier Analysen zu bestimmen. Jeder Testvergleich wurde mit CRS durchgeführt, in dieser Studie wurde die CRS durch die Regel „jedes positive“ festgelegt und das Ergebnis wurde nicht durch einen einzelnen Test bestimmt. Wir verwendeten mindestens zwei übereinstimmende Testergebnisse. Darüber hinaus sind bei der COVID-19-Übertragung falsch negative Ergebnisse gefährlicher als falsch positive Ergebnisse. Um „positiv“ so genau wie möglich aus einem CRS -Ergebnis zu sagen, müssen mindestens zwei Assay -Tests positiv sein, was bedeutet, dass mindestens ein positives Ergebnis wahrscheinlich aus einem EUA -Assay stammt. Somit werden von vier Testergebnissen zwei oder mehr Testergebnisse, die dasselbe Ergebnis ergeben, als echte positive oder negative 18,27 angesehen.
Die Daten wurden unter Verwendung strukturierter Datenextraktionsformulare gesammelt, die Dateneingabe und -analyse wurden unter Verwendung von Excel Statistical Software und SPSS Version 23.0 für beschreibende Statistiken durchgeführt. Eine positive, negative und Gesamtprozent -Übereinstimmung wurde analysiert, und ein Kappa -Score wurde verwendet, um den Grad der Übereinstimmung jeder Methode mit CRS zu bestimmen. Die Kappa-Werte werden wie folgt interpretiert: 0,01 bis 0,20 für eine leichte Übereinstimmung, 0,21 bis 0,40 für allgemeine Übereinstimmung, 0,41-0,60 für eine moderate Übereinstimmung, 0,61-0,80 für eine größere Übereinstimmung und 0,81-0,99 für vollständige Vereinbarung28.
Die ethische Clearance wurde von der Universität von Addis Abeba eingeholt, und alle experimentellen Protokolle für diese Studie wurden vom wissenschaftlichen Ethiküberprüfungsgremium des äthiopischen Public Health Institute genehmigt. Die Referenznummer für die Ephi-Ethiklizenz ist Ephi/IRB-279-2020. Alle Methoden wurden gemäß den Empfehlungen und Bestimmungen der äthiopischen nationalen umfassenden Richtlinien für die Behandlung von Covid-19 angewendet. Darüber hinaus wurde vor der Teilnahme an der Studie eine schriftliche Einverständniserklärung von allen Studienteilnehmern eingeholt.
Alle in dieser Studie erhaltenen oder analysierten Daten sind in diesem veröffentlichten Artikel enthalten. Daten, die die Ergebnisse dieser Studie unterstützen, sind beim jeweiligen Autor auf angemessene Anfrage verfügbar.
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